Номер телефона в истории звонков сохраняется тот, что был набран сотрудником. Это сделано намеренно, чтобы не было путаницы, что набрано на телефонном аппарате, то и видим в истории.
Ваша задача может быть решена доработкой модуля интеграции с b24. Перобразование номера выполнять на его стороне.