1 - убедитесь, что используете актуальную версию АТС.
2 - попробуйте в консольном меню станции нажать 9 и выполнить команду reboot
Это действие заставит систему выполнить проверку диска при начале работы системы.
Попробуйте через ssh выполнить команды:
sqlite3 /storage/usbdisk1/mikopbx/astlogs/asterisk/cdr.db 'vacuum';
sqlite3 /storage/usbdisk1/mikopbx/astlogs/asterisk/cdr.db 'select * from cdr';