я бы попробовал посмотреть что храниться в таблице:
sqlite3 /cf/conf/mikopbx.db 'Select * FROM m_SoundFiles'
до и после удаления файлов.
согласно логу проигрывается медиа файл "/storage/usbdisk1/mikopbx/media/custom/nonworkingtime"
Посмотрел бы на что ссылается "Нерабочее время":
sqlite3 /cf/conf/mikopbx.db 'Select * FROM m_OutWorkTimes'
С этим функционалом я давно проблем не встречал...