Спасибо, что направили в нужном направлении.
Вкратце опишу алгоритм, может кому пригодится:
1. Генерируем в PUTTYGEN открытый/закрытый ключ. Тип ключа выставляем SSH-1(RSA).
2. Из файла с публичным ключом копируем ключ и форматируем его в текстовом редакторе, удаляем переносы строк. Ключ должен начинаться с "rsa-ssh " дальше сам ключ в одну строку.
3. Отформатированный ключ вставляем в настройках SSH MikoPBX в поле SSH Authorized Keys.
Для подключения запускал PAGEANT, добавлял в него ключ указав файл с закрытым ключом. И затем из pagent запускал новое соединение.
У меня заработало.